市では、人材育成や地域づくり等を目的に以下の大学と協定を結んでいます。
１．熊本大学（本渡市との協定日：平成17年8月23日 ※平成18年3月27日、天草市に引き継ぐ）
自然の保護及び環境の保全、教育・文化・生涯学習及び人材育成、まちづくり、生活環境の整備及び保全並びに都市基盤整備、医療・保健及び福祉の向上、産業振興及び産学官連携による地域振興、行財政の効率化などの分野で連携しています。
２．熊本県立大学（協定日：平成18年12月20）
人材育成、観光・地域産業振興、教育・文化発展、地域づくりなどの分野で連携しています。
３．崇城大学（協定日：平成20年10月31日）
教育・文化・スポーツの振興、国際交流促進、産業振興、まちづくりの推進などの分野で連携しています。
４．忠清大学校（韓国）（協定日：平成22年1月22日）
相互間の友好親善交流の促進、観光・福祉・保健等・地域社会の振興、学術・教育・文化の発展などの分野で連携しています。
５．京都大学経営管理大学院（協定日：平成23年12月27日）
持続可能な地域づくりを目指して、地域に暮らし・仕事・楽しみをつくり出すため、起業の支援について連携しています。
６. 長崎大学水産学部（協定日：平成28年4月26日）
水産資源の効果的な活用と水産業が抱える課題に迅速かつ適切に対応し、活力ある個性豊かな地域社会の形成・発展に寄与することを目的に連携し
ています。
７．東京大学大学院鈴木・土屋研究室（協定日：平成28年12月18日）
将来を見据え、それぞれが持つ特長を生かしながらﾄﾞローンを活用した社会基盤構築に向けた取組みを協力して進めることについて連携しています。
８. 京都芸術大学（協定日：令和元年7月5日）
地域の課題に適切に対応し、活力ある個性豊かな地域社会の形成と発展及び将来的に必要とされる人材育成に寄与することを目的に、人材育成、教育・芸術・文化発展、観光・地域産業振興、地域づくりについて連携しています。