天草地域には５カ所のごみ処理施設がありますが、それぞれの施設の処理能力には限界があり、受け入れることができる対象地域が決まっています。
また、天草広域連合所管の施設（本渡地区清掃センター・松島地区清掃センター）は、対象地域ごとのごみ搬入量などの割合による各市町の負担金により運営されています。
対象外の地域からの持ち込みはできませんので、ご注意ください。
| 施設名 | 対象地域 |
|---|
| 本渡地区清掃センター | 本渡地区・有明町・栖本町・新和町・五和町・苓北町 |
| 松島地区清掃センター | 倉岳町・上天草市 |
| 牛深クリーンセンター | 牛深地区 |
| 西天草クリーンセンター | 天草町・河浦町 |
| 御所浦クリーンセンター | 御所浦町 |